1. 使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体我们可以进入NCBI后选择Conserved Domain然后点击Search。
出现如下界面，黄色部分即是本次要讲的工具。其中CD-search只能提交单条序列，Batch CD-Search可以上传多条序列。
2. 我们先以CD-Search为例，预测单条序列的结构域。
点击上图中的CD-Search，输入蛋白质/核酸查询序列，可以是FASTA格式的序列数据，或者输入GI或Accession号，同时在右方OPTIONS中选择要搜索的数据库，Expect Value等，或者使用默认设置，然后按“提交”按钮。
3. 一分钟后，运行结果产生，见下图。搜索结果将显示在默认条件下使用简要显示模式（图中右上方View可以下拉选择其他模式），该模式仅显示查询序列最高得分的区域。如果您想查看所有匹配的区域，请在View中更改为完整显示。
搜索结果中有四种类型的匹配：特定匹配（specific hits），非特定匹配(non-specific hits)，这些匹配所属的超家族(superfamily)，以及多结构域(multi-domains)。保守特征/位点的氨基酸用小三角形标识，这些位点可能为催化位点或者结合位点等。具体参见上图中的注解。
如果CD-Search发现特定匹配，则查询序列与命中的保守结构域之间的关联具有高置信度，进推断查询序列的功能也是高可信的。其他类型的匹配也可以揭示查询蛋白的假定功能，其可信度由E值来评价。
4.批量递交。点击Batch CD-Search，如下：
可以选择文件来上上传，文件序列数目不超过4000条。其他选项选择后，填入邮箱，程序运行完会将结果发送邮件。
以下为结果页面，可以点击Download下载：
其中对结果解释如下：
1. 使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体我们可以进入NCBI后选择Conserved Domain然后点击Search。
出现如下界面，黄色部分即是本次要讲的工具。其中CD-search只能提交单条序列，Batch CD-Search可以上传多条序列。
2. 我们先以CD-Search为例，预测单条序列的结构域。
点击上图中的CD-Search，输入蛋白质/核酸查询序列，可以是FASTA格式的序列数据，或者输入GI或Accession号，同时在右方OPTIONS中选择要搜索的数据库，Expect Value等，或者使用默认设置，然后按“提交”按钮。
3. 一分钟后，运行结果产生，见下图。搜索结果将显示在默认条件下使用简要显示模式（图中右上方View可以下拉选择其他模式），该模式仅显示查询序列最高得分的区域。如果您想查看所有匹配的区域，请在View中更改为完整显示。
搜索结果中有四种类型的匹配：特定匹配（specific hits），非特定匹配(non-specific hits)，这些匹配所属的超家族(superfamily)，以及多结构域(multi-domains)。保守特征/位点的氨基酸用小三角形标识，这些位点可能为催化位点或者结合位点等。具体参见上图中的注解。
如果CD-Search发现特定匹配，则查询序列与命中的保守结构域之间的关联具有高置信度，进推断查询序列的功能也是高可信的。其他类型的匹配也可以揭示查询蛋白的假定功能，其可信度由E值来评价。
4.批量递交。点击Batch CD-Search，如下：
可以选择文件来上上传，文件序列数目不超过4000条。其他选项选择后，填入邮箱，程序运行完会将结果发送邮件。
以下为结果页面，可以点击Download下载：
其中对结果解释如下：
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