疏水氨基酸改良土壤
生物学家劳伦斯·赫斯特和斯蒂芬·弗里兰在20世纪90年代末把天然基因密码和计算机随机产生的几百万组密码拿去比对,结果轰动一时。他们想知道,如果发生点突变这种把一个字母换掉的变异,哪一套密码系统能保留最多正确的氨基酸,或将它代换成另一个性质相似的氨基酸。
结果他们发现,天然的基因密码最经得起突变的考验。点突变常常不会影响氨基酸序列,而如果突变真的改变了氨基酸,也会由另一个物理特性相似的氨基酸来取代。据此,赫斯特与弗里兰宣称,天然的遗传密码比成千上万套随机产生的密码要优良得多。它不但不是大自然密码学家愚蠢而盲目的作品,而是万里挑一的密码系统。
天然的三联基因密码的第一个字母都有特定的对应方式。举例来说,所有以丙酮酸为前体合成的氨基酸,它们密码的第一个字母都是T。所有由α-酮戊二酸所合成的氨基酸,其三联密码第一个字母都是C;所有由草酰乙酸合成的氨基酸,第一个字母都是A;最后,几种简单前体通过单一步骤所合成的氨基酸,第一个字母都是G。
三联密码的第二个字母和氨基酸是否容易溶于水有关,或者说和氨基酸的疏水性有关。亲水性氨基酸会溶于水,疏水性氨基酸不会溶于水,但会溶在脂肪或油里,比如溶在含有脂质的细胞膜里。所有的氨基酸,可以从“非常疏水”到“非常亲水”排列成一张图谱,而正是这张图谱决定了氨基酸与第二个密码字母之间的关系。疏水性最强的六个氨基酸里有五个,第二个字母都是T,所有亲水性最强的氨基酸第二个字母都是A。介于中间的有些是G有些是C。
三联密码的第三个字母不含任何信息,不管接上哪一个字母都没关系,这组密码子都会翻译出一样的氨基酸。以甘氨酸为例,它的密码子是GGG,但是最后一个G可以代换成T、A或C。
第三个字母的随机性暗示了一些有趣的事情。二联密码可以编码16种氨基酸。如果我们从20个氨基酸里拿掉5个结构最复杂的(剩下15个氨基酸,再加上一个终止密码子)这样前两个字母与这15个氨基酸特性之间的关联就更明显了。因此,最原始的密码可能只是二联密码,后来才靠“密码子捕捉”的方式成为三联密码,也就是各氨基酸彼此竞争第三个字母。
第一个字母和氨基酸前体之间的关系直截了当,第二个字母和氨基酸的疏水性相关,第三个字母可以随机选择。这套密码系统除了可以忍受突变,还可以降低灾难发生时造成的损失,同时可以加快进化的脚步。因为如果突变不是灾难性的,那应该会带来更多的好处。
免疫性疾病的曙光?人工改造蛋白质可以吸收多余的信号蛋白

新冠肺炎有一个显著的特征,那就是严重的病例可能会出现过度免疫反应。这种突发的过度免疫反应也被称为细胞因子风暴,它会损害肺部,还能造成致命的影响。
日前,麻省理工学院的一组研究人员开发了一种结构类似于抗体的特殊蛋白质,他们相信,这种蛋白质可以吸收这些多余的细胞因子。
这项研究的资深作者之一、麻省理工学院科学家Rui Qing表示:“在注入身体之后,这些蛋白质会和细胞因子风暴产生的多余细胞因子结合,消除过度的细胞因子和减轻感染的症状。”
研究人员在《生物物理学季刊》(QRB)上发表了他们的初步发现,现在他们希望开始在人类细胞和动物模型中测试这种蛋白质对细胞因子释放和冠状病毒感染的反应。
麻省理工学院媒体实验室分子结构实验室的首席科学家Shuguang Zhang也是这篇论文的资深作者。麻省理工学院(MIT)的访问科学家Shilei Hao是这项研究的主要作者,Avalon GloboCare的首席执行官兼总裁David Jin也是研究作者之一。
一个分子海绵
研究人员阻止细胞因子风暴的研究工作起源于一个Zhang在10年前开始的项目,该项目旨在为嵌入细胞膜的蛋白质开发改良版本。这些蛋白质通常很难研究,因为一旦将它们从细胞膜中提取出来之后,它们只有悬浮在特殊的清洁剂中才能保持结构。
经过几年的研究,Zhang和Qing开发了一种方法来修改这些蛋白质的疏水区域,使它们可溶于水,更易于研究。他们的方法被称为QTY代码,这种方法需要用具有相似结构的亲水氨基酸代替一些疏水氨基酸。亮氨酸转化为谷氨酰胺,异亮氨酸和缬氨酸转化为苏氨酸,苯丙氨酸转化为酪氨酸。
随着QTY代码的发展,Jin带着设计一种水溶性蛋白的想法来到了Zhang的实验室,这种蛋白质也被称为细胞因子受体。研究人员在免疫细胞的表面发现了这些受体,它们会在细胞表面与细胞因子(一种刺激炎症和其他免疫反应的信号蛋白)结合。
Jin认为,模仿这些细胞因子受体的蛋白质可以帮助对抗细胞因子风暴。细胞因子风暴可以由病毒或细菌感染产生,包括艾滋病毒和肝炎,它们也会作为癌症免疫治疗的副作用出现。
在2019年4月,Zhang的团队开始设计可以像海绵一样吸收多余细胞因子的蛋白质。为此,他们使用QTY编码制造了水溶性的细胞因子受体。当蛋白质溶于水时,它们可以有效地在人的血液中流动,而最初的疏水版本蛋白质可能会附着在它们遇到的细胞上。
研究人员还在他们的水溶性受体蛋白上附加了一个名为Fc区域的抗体片段,这个区域有助于进一步在血液中稳定这些蛋白质,降低它们被免疫系统攻击的可能性。
研究人员设计了模拟六种不同细胞因子受体的蛋白质,这些细胞因子受体可以与干扰素和白介素等细胞因子结合,也可以与一类叫做趋化因子的细胞因子结合。在针对这些蛋白质结合强度的实验室测试中,研究人员发现,这些修改过的蛋白质和细胞因子的结合强度,与自然细胞因子受体和细胞因子的结合强度很相似。
Jin说:“我们设计的细胞因子受体会吸收细胞因子风暴期间释放的大部分过量细胞因子。”
出于好奇心的研究
今年3月,当有证据开始表明SARS-CoV-2病毒在一些患者体内引发了细胞因子风暴时,研究人员意识到,他们设计的受体蛋白可能会对此有所帮助。他们决定尽快公布迄今为止的研究结果,并计划在感染Covid-19的人类细胞和动物模型中进行更多的试验。
Zhang 说,这种方法的潜在治疗用途强调了“好奇心驱动的研究”有多么重要。
他说:“事实证明,我们在2019年4月开始的研究与Covid-19感染患者的治疗方法直接相关。好奇心驱动的研究,甚至是前瞻性的研究,往往会使我们提前做好防范,这是预防未来灾难的关键。”
研究人员已经对他们设计的蛋白质,以及他们创造水溶性细胞因子受体的整体方法申请了专利。他们希望尽快获得这项技术的许可,并与制药和生物技术公司进行合作,帮助将其推向临床试验。
Jin说:“很明显,这种方法需要进一步的动物研究以及潜在人类临床研究。但我们有信心,这一发现将有助于临床应用,治疗引起细胞因子风暴的病毒性疾病。”
原文:https://medicalxpress.com/news/2020-04-proteins-halt-severe-cytokine-storms.html
免疫性疾病的曙光?人工改造蛋白质可以吸收多余的信号蛋白
尿里有泡沫是病吗?
门诊上经常有患者因为尿里有泡沫来咨询,医生基本上是先开一张尿常规化验,如果化验结果里没有蛋白、感染或红细胞,就会告诉患者基本没有问题。但是泡沫尿是怎样形成的呢?作者查阅了国际上发表的相关文献,总结如下。如果尿中泡沫比较大,排尿后泡沫迅速破裂消失,基本上是不存在疾病的,因为尿流的冲力比较大,进入尿盆后会把空气带入水肿形成泡沫。但是排尿后看到尿中有泡沫,而且泡沫大小不等,甚至有分层,就可能有问题了,基本上考虑要内科的疾病,比如说肾小球肾炎,肾病综合症等,在这些疾病中红细胞、蛋白质或氨基酸是从肾小球“漏”出来,区别于尿路出血引起的。只有大约1/3的泡沫尿当中发现有蛋白尿。从物理和化学角度来看,泡沫尿的形成有这样几个疑问,泡沫尿是怎样形成的?除了蛋白以外,其他物质会引起尿中有泡沫吗?泡沫尿的形成可能与一种叫作表面活性剂的物质有关,这种表面活性剂是一种有机化合物,具有既亲水又疏水的特点,溶于水后存在于气体与水的表面,不可溶的疏水端聚集形成气泡。肥皂能够清洁衣物,就是因为既有亲水又有疏水的这种结构。依靠亲水和输水两种活性可以将污物进行分离。啤酒中的泡沫也是由于具有亲水和疏水特点的蛋白质造成的,这主要指大麦中分离出来的脂运输蛋白。蛋白质和多肽氨基酸具有亲水和疏水活性,可以成为表面活性剂,在水中形成泡沫。另外一些游离氨基酸也具有这种特性,可以在尿中形成泡沫。经典的氨基酸尿可见于范可尼综合症,它是骨软化-肾性糖尿-氨基酸尿-高磷酸尿综合症,是遗传性或获得性近端肾小管功能异常引起的一组症候群,这些氨基酸主要是甲硫氨酸和络氨酸,这二者具有强烈的亲水和疏水特性,会从患者尿中排出。范可尼综合症患者的24小时尿中这些氨基酸的数量可以超过500毫克。在一些泌尿外科结石、肿瘤、炎症患者中血尿比较常见。当出现血尿和脓尿的时候,细胞膜破裂,释放出磷酸酯,在尿中也会形成泡沫。 虽然泡沫尿常见,但当中还是隐藏着一些疾病的,患者应该观察泡沫的大小,是不是泡沫很快就消失,有没有分层等等。最主要的还是要询问医生并作相关的检查