亲水水氨基酸
生物学家劳伦斯·赫斯特和斯蒂芬·弗里兰在20世纪90年代末把天然基因密码和计算机随机产生的几百万组密码拿去比对,结果轰动一时。他们想知道,如果发生点突变这种把一个字母换掉的变异,哪一套密码系统能保留最多正确的氨基酸,或将它代换成另一个性质相似的氨基酸。
结果他们发现,天然的基因密码最经得起突变的考验。点突变常常不会影响氨基酸序列,而如果突变真的改变了氨基酸,也会由另一个物理特性相似的氨基酸来取代。据此,赫斯特与弗里兰宣称,天然的遗传密码比成千上万套随机产生的密码要优良得多。它不但不是大自然密码学家愚蠢而盲目的作品,而是万里挑一的密码系统。
天然的三联基因密码的第一个字母都有特定的对应方式。举例来说,所有以丙酮酸为前体合成的氨基酸,它们密码的第一个字母都是T。所有由α-酮戊二酸所合成的氨基酸,其三联密码第一个字母都是C;所有由草酰乙酸合成的氨基酸,第一个字母都是A;最后,几种简单前体通过单一步骤所合成的氨基酸,第一个字母都是G。
三联密码的第二个字母和氨基酸是否容易溶于水有关,或者说和氨基酸的疏水性有关。亲水性氨基酸会溶于水,疏水性氨基酸不会溶于水,但会溶在脂肪或油里,比如溶在含有脂质的细胞膜里。所有的氨基酸,可以从“非常疏水”到“非常亲水”排列成一张图谱,而正是这张图谱决定了氨基酸与第二个密码字母之间的关系。疏水性最强的六个氨基酸里有五个,第二个字母都是T,所有亲水性最强的氨基酸第二个字母都是A。介于中间的有些是G有些是C。
三联密码的第三个字母不含任何信息,不管接上哪一个字母都没关系,这组密码子都会翻译出一样的氨基酸。以甘氨酸为例,它的密码子是GGG,但是最后一个G可以代换成T、A或C。
第三个字母的随机性暗示了一些有趣的事情。二联密码可以编码16种氨基酸。如果我们从20个氨基酸里拿掉5个结构最复杂的(剩下15个氨基酸,再加上一个终止密码子)这样前两个字母与这15个氨基酸特性之间的关联就更明显了。因此,最原始的密码可能只是二联密码,后来才靠“密码子捕捉”的方式成为三联密码,也就是各氨基酸彼此竞争第三个字母。
第一个字母和氨基酸前体之间的关系直截了当,第二个字母和氨基酸的疏水性相关,第三个字母可以随机选择。这套密码系统除了可以忍受突变,还可以降低灾难发生时造成的损失,同时可以加快进化的脚步。因为如果突变不是灾难性的,那应该会带来更多的好处。
一种与朊病毒相关的突变取代导致这种蛋白质
9月9日,中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉中心研究员刘聪课题组与武汉大学教授梁毅课题组合作,在Science Advances上在线发表了题为Genetic prion disease–related mutation E196K displays a novel amyloid fibril structure revealed by cryo-EM 的研究论文。该工作利用冷冻电镜技术解析了全长朊病毒蛋白家族遗传病理性突变体E196K蛋白纤维的近原子分辨率结构,发现E196K突变通过破坏野生型朊病毒蛋白病理纤维中的关键相互作用力,导致纤维结构的重排,进一步揭示出不同朊病毒蛋白病理突变体聚集多态性的分子机制。
Prion疾病是由朊病毒蛋白(prion protein, PrP)发生错误折叠,聚集形成致病性的朊病毒(PrPSc)导致的神经退行性疾病,该疾病可在多种动物包括人类之间传播。其病理特征主要为细胞中具有正常构象的朊蛋白(PrPC)发生错误折叠形成病理型的朊病毒蛋白(PrPSc)。Prion疾病分为散发性、家族遗传性和感染性三种类型,家族遗传性prion疾病的发生与朊蛋白基因的突变密切相关。已发现引起家族遗传性prion疾病的PrP突变位点共33个,包含42种不同氨基酸的突变。不同的病理突变体可以形成多种不同的朊病毒株型,引发不同临床症状,导致不同疾病,例如克雅氏病(Creutzfeldt-Jakob disease, CJD)、致死性家族失眠症(fatal familial insomnia, FFI)和格斯特曼氏综合征(Gerstmann-Straussler-Scheinker disease, GSS)等。然而,病理性突变体如何改变朊病毒蛋白结构,不同朊病毒蛋白病理性突变体如何引起不同病理临床症状等问题尚未解决。
该研究中,研究人员对克雅氏病(CJD)家族性突变位点E196K开展研究。研究人员制备出高度均一、分散的全长人源朊蛋白病理突变体E196K淀粉样纤维,并运用冷冻电镜技术在近原子水平上解析了E196K纤维的高分辨率冷冻电镜结构(3.04 ?)。研究发现,E196K突变破坏了野生型朊病毒纤维中的关键相互作用力,导致纤维结构的重排,形成了与野生型朊病毒纤维完全不同的结构。该结构由两根原纤维以左手螺旋的方式缠绕而成,纤维核心宽度约为11 nm,半螺旋周期为126.4 nm(图1)。
进一步研究发现,E196K纤维核心主要由其C端的175-217组成,包含5个β-折叠结构。在E196K纤维结构中,来自两个亚基的Lys194、Lys196、Glu200和Glu207组成四对盐桥,形成了一个同时包含亲水氨基酸和疏水氨基酸的锯齿形相互作用界面(图2)。研究揭示出朊病毒蛋白病理突变体引起聚集纤维多态性的分子机制,为发展相关诊断和治疗手段提供了分子基础,具有重要意义。
研究工作得到国家自然科学基金委员会和科技部的资助。

图1.E196K纤维冷冻电镜结构

图2.E196K纤维与野生型纤维的结构对比
来源:中国科学院上海有机化学研究所
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研究揭示朊病毒蛋白病理聚集多态性分子机制,一种与朊病毒相关的突变取代导致这种蛋白质
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